2009–2011: 1. FFC Turbine Potsdam

Keßler ký hợp đồng với 1. FFC Turbine Potsdam tại Frauen Bundesliga ở tuổi 21 vào năm 2009.[2] Cô cùng đội về nhất tại giải quốc nội với thành tích 19–2–1 trong đó cô ghi 11 bàn.[3] Đội giành chức vô địch UEFA Women's Champions League 2009-10 sau khi vượt qua Olympique Lyon trong loạt luân lưu.[4]

2011–2016: VfL Wolfsburg

Vào năm 2011, Keßler chuyển sang VfL Wolfsburg.[5] Đội về thứ hai tại Bundesliga 2011-12 với thành tích 18–2–2 trong đó Keßler ghi 11 bàn.[6]

Trong mùa giải 2012-13, Keßler ghi 8 bàn và giúp Wolfsburg lên ngôi vô địch.[7] Cô tiếp tục giành chức vô địch UEFA Women's Champions League 2012-13 sau khi cùng Wolfsburg thắng Olympique Lyon 1-0 trong trận chung kết.[8]

Vào năm 2014, Keßler đưa Wolfsburg tới chức vô địch Bundesliga và Champions League.[9] Wolfsburg trở thành đội bóng đá nữ Đức đầu tiên giành cú ăn ba.[10] Mùa giải này Keßler nhận danh hiệu Cầu thủ nữ xuất sắc nhất châu Âu của UEFA.[11] Cô nhận danh hiệu FIFA Player of the Year vào tháng 1 năm 2015, vượt qua Marta và Abby Wambach.[9]

Sau một thời gian dài chấn thương cô chính thức giải nghệ vào ngày 14 tháng 4 năm 2016.[12]